“মাতৃভাষাই শিক্ষার সবচে’ শক্তিশালী মাধ্যম”-এই মূলনীতির উপর ভিত্তি করে জামিয়া মাতৃভাষা বাংলাকেই সাধারণভাবে শিক্ষার মাধ্যম রূপে গ্রহণ করেছে। তবে উপরস্থ শ্রেনীগুলোতে উর্দু ও আরবী ভাষাও কিছু কিছু দরস প্রদান করা হয়।